西双版纳傣族自治州卫生监督所设下列内设机构:

(一)办公室。负责拟定全州卫生监督工作计划，并组织实施；负责人事、文秘、财务、档案、信息统计、离退休老干部管理工作、综合协调所内外事务；开展卫生监督协管工作、稽查工作。

(二)许可审核科。承担拟定全州卫生执业许可工作计划，并组织实施；负责卫生许可和执业许可的申请受理、初审、上报和批准后证书发放的具体工作；对基层卫生监督工作进行业务指导；承担上级交付的其他任务。

(三)综合监督一科。组织拟订拟定全州医疗卫生机构、采供血机构、生活饮用水、消毒产品、传染病防治、餐饮具集中消毒单位 的卫生监督工作计划，并组织实施；对基层卫生监督工作进行业务指导；承担上级交付的其他任务。

(四)综合监督二科。拟定全州学校卫生监督工作计划并组织实施，对下级公共场所卫生监督工作进行监督、检查和指导；拟定全州职业卫生、放射卫生监督工作计划并组织实施，完成全州放射工作人员培训工作；负责食品安全企业标准备案工作；对基层卫生监督工作进行业务指导；承担上级交付的其他任务。