1997年，根据《中共云南省委、云南省人民政府切实加强环境保护的决定》和州人民政府九届一次常务会议、州委8月24日常委会精神，西双版纳州环境保护局从州城乡建设环境保护局分设，作为州人民政府的组成部门，1997年10月6日，西双版纳傣族自治州环境保护局正式挂牌。
    西双版纳傣族自治州环境保护局主要职责是：贯彻实施党和国家环境保护方针、政策、法律和法规，拟定全州环境保护的政策和措施，并监督实施；组织编制全州环境保护规划和计划，参与制定全州国民经济和社会发展中长期规划、国土规划和区域开发规划，审查城市（城镇）总体规划中的环境保护的内容，负责环境保护目标责任书的制定、审批、考核工作；负责征收排污费，管理环保基金，办理环保建设项目、污染治理工程贷款事宜，管理和监督废水、废气、固体废物、噪声、放射性及电磁辐射等污染防治工作和城市（城镇）环境污染综合整治工作，指导污染治理示范工程建设；审批建设项目环境影响报告书（表）；调查处理污染事故，协调跨州、县（市）的环境污染纠纷，办理行政复议案件，对可能引起环境污染和自然生态破坏情况进行监督，协调各部门的环境保护工作；贯彻执行排污申报许可证、三同时、限期治理等环境管理制度，管理环保产业；统一监督全州贯彻执行国家环境保护有关标准、技术规范，负责区域环境监测、环境影响评价和环境科研工作，编报环境统计、环境质量报告书、发布环境质量公报；统一管理全州自然生态环境保护工作，会同有关部门进行自然资源合理开发、利用和自然保护区、风景名胜区、名胜古迹、古树名木等环境保护工作，负责农业生态环境保护和建设管理工作；制定环境保护宣传教育计划，组织、指导开展环境保护宣传教育活动，组织环境保护科技合作及信息交流工作；负责指导各县（市）环境保护机构的业务建设和队伍建设，组织全州性的环境保护法律、法规执行情况的检查工作；承办州委、州人民政府和省环保局交办的其他事项。