1997年底，西双版纳州环境保护局设污染治理监督科、自然生态保护科、宣传法规科、办公室。全局共有各类工作人员39人（包括机关14人、州环境监理所8人、州环境监测站17人）。专业技术人员中，中级职称4人，初级职称21人。
       2002年，在行政机构改革中，西双版纳州环境保护局机关由原来的三科一室精减为二科一室（污染治理监督科、自然生态保护科、办公室），机关定编12人，局领导2人，科级领导4人。
       2003年，在事业单位人事制度改革中，州环保局下属事业单位州环境监察支队定编8人，支队领导2人；下属事业单位州环境监测站定编15人，站领导3人。
      2005年，根据省环保局《关于明确纳板河流域国家级自然保护区管理所管理问题的通知》文件精神，州环保局不再受省环保局的委托管理纳板河保护区管理所，管理所的人事、财务、业务、工会等事宜全部上交省环保局直接管理，党支部仍由我局党总支代管。
      2007年，西双版纳州环境保护局党支部成立。
      目前，西双版纳州环境保护局在职职工40人，退休4人；其中机关14人，事业单位人员26人；局领导3人，科级领导9人；专业技术人员22人，其中高级职称5人、中级职称12人、初级职称5人。